南京市中醫院，是南京中醫藥大學第三附屬醫院，亦為南京肛腸病醫院、南京市紅十字中醫醫院。前身經歷南京警察廳醫務所、公安醫院、直屬醫院等變遷，1956年正式組建并更名為南京市中醫院。她座落在聞名海內外的夫子廟秦淮河畔，是一所集醫療、預防、科研、教學、保健、康復為一體和設備先進、技術雄厚、專科齊全、管理有序的三級甲等綜合性中醫醫院。 醫院開放床位達到600余張，醫院現有高級衛技人員150余人，全國名中醫藥專家師承指導老師6人，省級名醫11人，省級名中西醫結合專家4人，南京市名中醫、名中西醫結合專家29人。教授、副教授、講師160余人，博士、碩士導師20余人。 醫院臨床科室設置齊全，重點科室技術特色顯著，現有國家級重點專科及學科2個：全國肛腸醫療中心、腦科；國家級重點專病1個：婦科的更年期綜合征；省級重點中醫專科6個：肛腸科、骨傷科、針灸科、腦血管病科、婦科、腫瘤科；市級重點中醫專科7個：老年科、養生康復中心、急診科、消化科、腫瘤科、腎臟科、心臟科、內分泌科，醫院并設有中醫藥研究所和結直腸病研究所。 醫院已經成為國家藥物臨床試驗機構、南京中醫藥大學國際中醫藥教育實習培訓基地、南京中醫藥大學國際針灸培訓中心臨床基地。現為中華中醫藥學會肛腸分會、江蘇省中醫腦病專業委員會、江蘇省中醫兒科專業委員會、南京中醫藥學會、南京針灸學會的掛靠單位。